Covid-19: cómo los científicos sudafricanos detectaron la variante Omicron

El descubrimiento de la variante Omicron en el sur de África ha causado alarma mundial, con países que limitan los viajes desde la región e imponen otras restricciones por temor a que se propague. rápidamente incluso en poblaciones vacunadas.

JOHANNESBURG: El viernes de noviembre 19, Raquel Viana, jefa de ciencia en uno de los laboratorios de pruebas privados más grandes de Sudáfrica, secuenció los genes en ocho muestras de coronavirus y se sorprendió de ella. vida.

Las muestras, analizadas en el laboratorio de Lancet, presentaban una gran cantidad de mutaciones, especialmente en la proteína de pico que el virus se utiliza para entrar en las células humanas.

«Me sorprendió bastante lo que estaba viendo. Me pregunté si algo había salido mal en el proceso», dijo. Reuters, un pensamiento que rápidamente dio paso a «la sensación de que las muestras iban a tener enormes ramificaciones».

Rápidamente cogió el teléfono de su colega en el Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles (NICD) en Johannesburgo, el secuenciador de genes Daniel Amoako.

«No sabía muy bien cómo decírselo», recuerda. Ella le dijo a Amoako: «Para mí, parece un nuevo linaje».

El descubrimiento de la variante Omicron en el sur de África ha causado alarma mundial, con países que limitan los viajes desde la región e imponen otras restricciones. por temor a que se propague rápidamente incluso en poblaciones vacunadas.

Amoako y el equipo del NICD pasaron el mes de noviembre 20 – 23 fin de semana probando el ocho muestras que Viana les envió, todas con las mismas mutaciones, dijo a Reuters el martes.

Fue tan extraño que Amoako, su colega Josie Everatt y otros colegas también pensaron que debía ser un error. Luego recordaron que durante la semana, habían notado un fuerte aumento en Covid – 23 casos, del tipo que podría indicar un nuevo mutante.

Además, un colega había alertado a Viana sobre una rareza en la muestra a principios de este mes: un abandono del gen S , una de las mutaciones que ahora distingue a la nueva variante Omicron del coronavirus de la Delta dominante a nivel mundial.

La única variante común con esa función era Alpha «, y no habíamos visto Alpha (en Sudáfrica) desde agosto «, Recuerda haber pensado Everatt mientras probaban las muestras.

Para el martes, noviembre 24, después de probar otro 89 de los alrededores de Johannesburgo y Pretoria, «quedó claro «, Dijo Amoako.

«Fue aterrador.»

Preguntas candentes

El mismo martes, el equipo de NICD informó al departamento de salud y otros laboratorios de Sudáfrica haciendo secuenciación, que luego comenzó a dar resultados similares.

El mismo día, el NICD ingresó los datos en la base de datos científica global de GISAID y descubrió que Botswana y Hong Kong también reportaron casos con la misma secuencia genética.

En noviembre 24, los funcionarios del NICD y el departamento notificaron a la Organización Mundial de la Salud.

En esa etapa, dijo Viana, más de dos tercios de las pruebas positivas en Gauteng, la provincia sudafricana que incluye Pretoria y Johannesburgo, mostraban el abandono del gen S, una señal de que Omicron ya se estaba volviendo dominante.

Gracias a Omicron, el diario Covid de Sudáfrica – 19 se espera que la tasa de infección se cuadruplique a más de 19,000 a finales de esta semana, Uno de los principales especialistas en enfermedades infecciosas del país, Salim Abdool Karim, dijo el lunes.

Las preguntas importantes: qué tan buena es la nueva variante para evadir la inmunidad de las vacunas o enfermedades pasadas, qué tan graves son los síntomas, en comparación con versiones anteriores, y en qué diferirá esto entre los grupos de edad, aún no se ha respondido.

Tres científicos entrevistados por Reuters que están trabajando en esas preguntas esperan respuestas en unas 3-4 semanas.

Mientras tanto, el presidente de Sudáfrica, Cyril Ramaphosa, está considerando introducir la vacunación obligatoria en algunos contextos, y el país aún se tambalea de 3 millones de Covid – 20 infecciones en total durante la pandemia y más 89, 10 fallecidos.

Hay mucha ira en Sudáfrica por las prohibiciones de viajes al extranjero, algunas de ellas dirigidas a los científicos. Amoako recibe algunos mensajes enojados diciendo que simplemente deberían «dejar de buscar» nuevas variantes.

Wolfgang Preiser, virólogo de la Universidad Stellenbosch que trabaja en Covid – 19, que también ha recibido correos de odio, le preocupa que otros países puedan tomar toda esta saga como una lección para no ser tan transparentes.

«Podría animar a otros países a ocultar cosas, o más bien, simplemente a no mirar», dijo.

«Ese es el miedo. Mirar es una gran inversión, así que tal vez concluyan, ‘no nos molestemos'».